日本税理士会連合会は、「インボイス制度の円滑な導入・実施について」というPDFを公開しています。
日税連としては、現状の実務とインボイス制度の内容を踏まえて、以下のような運用を提案しているようです。
１ 免税事業者が市場取引から排除されることを防止するため、平成 28 年改正法附則第 52 条第１項の経過措置を当分の間維持すること。
２ 事業者等への過度な負担を避けるため、現行消費税法施行令第 49 条第１項第１号（少額取引）の取扱いを存置し、請求書等の保存の有無にかかわらず帳簿のみの保存で仕入税額控除を認めること。
もともと、3万円未満の少額取引は、本来帳簿のみの保存で仕入税額の控除を受けることができました。
インボイス制度では、原則請求書の保存も求められるため、実務で地味にキツいんじゃないかと言われていました。その辺りは日税連も把握しているようです。
なお、インボイス制度でも例外はあり、以下の通りとなっています。
① 適格請求書の交付義務が免除される３万円未満の公共交通機関による旅客の運送
② 適格簡易請求書の記載事項（取引年月日を除きます。）が記載されている入場券等が使用の
際に回収される取引（①に該当するものを除きます。）
③ 古物営業を営む者の適格請求書発行事業者でない者からの古物（古物営業を営む者の棚卸
資産に該当するものに限ります。）の購入
④ 質屋を営む者の適格請求書発行事業者でない者からの質物（質屋を営む者の棚卸資産に該
当するものに限ります。）の取得
⑤ 宅地建物取引業を営む者の適格請求書発行事業者でない者からの建物（宅地建物取引業を
営む者の棚卸資産に該当するものに限ります。）の購入
⑥ 適格請求書発行事業者でない者からの再生資源及び再生部品（購入者の棚卸資産に該当す
るものに限ります。）の購入
⑦ 適格請求書の交付義務が免除される３万円未満の自動販売機及び自動サービス機からの商
品の購入等
⑧ 適格請求書の交付義務が免除される郵便切手類のみを対価とする郵便・貨物サービス（郵
便ポストに差し出されたものに限ります。）
⑨ 従業員等に支給する通常必要と認められる出張旅費等（出張旅費、宿泊費、日当及び通勤
手当）